Untuk membantu tugas Majelis dalam melakukan pembinaan jemaat dan melaksanakan tugas pelayanan, maka GKI Karangsaru memiliki 10 Komisi yang berada dan bertanggung jawab di bawah Majelis Jemaat GKI Karangsaru :
- Komisi Anak
- Komisi Madya
- Komisi Remaja
- Komisi Pemuda
- Komisi Dewasa
- Komisi Senior
- Komisi Pekabaran Injil
- Komisi Paduan Suara dan Kesenian
- Komisi Kebaktian
- Komisi Pendidikan